تضم جامعة ابن زهر الكليات والمعاهد التالية:
كلية الآداب والعلوم الإنسانية
كلية العلوم
المدرسة العليا للتكنولوجيا
المدرسة الوطنية للتجارة والتدبير
المدرسة الوطنية للعلوم التطبيقية
كلية العلوم القانونية، الاقتصادية والاجتماعية
الكلية المتعددة الاختصاصات (بمدينة تارودانت )
الكلية المتعددة الاختصاصات (بمدينة ورزازات )
المدرسة العليا للتكنولوجيا (بمدينة كلميم )
المدرسة العليا للتكنولوجيا (بمدينة العيون )
القطب الجامعي الجديد بأت ملول ( أزرو)